单个基因生信分析流程

Rose

1.前言

单个基因的生信分析同样重要，对于验证一个基因的功能已经可能存在的互作具有重要意义，下面说说怎么分析单个基因的生物信息。
想要了解分析详细过程可以看这篇推文：
2.基因结构预测与功能注释

FGENESH：
http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

Blastx验证：
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome3.蛋白质结构域预测

InterPro：http://www.ebi.ac.uk/interpro/
或
Pfam：http://pfam.xfam.org/3.同源基因分析

拟南芥数据库：https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=/download_files/Genes
水稻：http://rice.hzau.edu.cn/rice_rs3/
本地软件：Bioedit4.多序列比对

MEGA-X 软件
其他比对软件5.蛋白质二级、三级结构预测

二级结构预测  PSIPRED：
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred
三级结构预测：
同源建模（SWISS-MODEL):
https://swissmodel.expasy.org/interactive
穿线法（I-TASSER）：
https://zhanggroup.org//I-TASSER/
从头预测（QUARK）：
https://zhanggroup.org//QUARK/
综合法（ROBETTA）：
https://www.bilibili.com/video/BV1vK4y1u7Xy?p=26.蛋白质特性分析

ProtParam：
https://web.expasy.org/cgi-bin/protparam/protparam7.跨膜结构分析

TMHMM：
https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.08.信号肽分析

SignalP：
https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-6.09.亚细胞定位预测

PSORT：
http://psort1.hgc.jp/form.html10.启动子分析

PlantCARE：
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/11.调控目的基因的miRNA预测（不可用，略）

目前psRNATarget网站已经不再支持服务，所以如果要使用miRNA预测需要用一些本地的软件进行预测。
不过，miRBase、psRobot等网站可以通过已知的miRNA预测可能作用的靶基因。此步略过。
psRNATarget：http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/home
miRBase：https://www.mirbase.org/index.shtml
psRobot：http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/target_prediction_1.php12.基因表达分析（只能是模式植物的基因，略）

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