生信学习要点的基础知识

去年7月份生信培训直播课程中讲的一些生信基础知识，大家可以初步了解下：

1、什么是linux系统？

1）Linux：内核（将电脑的硬盘可视化），包含：命令、软件的一个可以与机器（电脑）交互的平台。可以使用编程语言：Python  perl在Linux让电脑/机器去工作，完成你的指令。

2）Linux：centos（企业用的，被停用了）、ubuntu（个人）、其他的版本：红帽系统红旗linux 鸿蒙系统

3）可视化、命令行版本（以这个为主学习）

2、安装linux系统？

1）购买服务器：https://www.aliyun.com/benefit/waitou/V2?utm_content=se_1018076877

使用xshell7登录，xftp传输文件

购买服务器，相当于创始者，root(管理员)无上权限  9.9元/月 99元/年

你用公司/学校的服务器。那你就是普通用户，只有使用权限用户名被root（管理员）定义的。

Root 可以管理人员

#增加用户：sudo useradd -s /bin/bash -m -d /home/wulei/ wulei

#设置密码：sudo passwd wulei

#删除用户：sudo userdel username

2）使用windows自带的ubuntu系统免费

3、掌握linux环境、配置环境变量等

 1）目录结构：你所在位置，文件再哪里，数据在哪里 pwd cd

 1）pwd：你现在的位置；2）cd：你要知道，再那个目录下做工作/工作

 / :根目录；

 ~：家目录

 .. :返回上一个目录

 .：本目录

2)访问模式：绝对路径：/home/xx/xuexi.txt  正规，不会出错，但是麻烦;相对路径：~/xuexi.txt 快捷简单

 3）学会判断文件存放地方是不是对的用tab补齐，来确认目录和文件是不是对的

2）环境变量：配置环境变量：可以改变系统或程序的东西

 通过去修改.bashrc文件去，调整系统命令输出格式，系统的配置等。

修改系统环境变量，通过修改.bashrc实现：

复制：cp .bashrc .bashrc.bak

修改：vi .bashrc 

激活：source .bashrc

3）d:文件夹 x：可操作 w:可写 r：可读设置访问权限通过chmod调整用户的权限

4、常用命令学习https://www.runoob.com/linux/linux-comm-chmod.html

1）创建文件夹：mkdir

2）创建文件：touch cat ehco

3）查看文件：cat less more

4）复制cp 删除rm 修改文件名mv

查看帮助文档：mkdir –help  man mkdir

命令行的输入：命令选项文件 cat -A

5、sed awk grep高级命令学习  需要配套资料给出的命令行，多练习掌握

1）awk : 列操作命令

筛选打印不同的列：awk ‘{print $1}’

$0:全部列

$1 :第一例

$2: 第二列

$NF:最后一列

筛选匹配：awk  ‘$5>50 {print $0}’

2）grep命令筛选筛查

 筛选提取的功能 grep ‘180’ 文件名

3）sed 行替换命令  sed -e “s/ /\t/g” 文件名1 > 文件2

转义：特殊的符号或字母，通过转义符号：\，只表示它原始的符号，去掉特殊的意义。